Styrer og råd
Rådet for Egill Danielsens Stiftelse
1.januar 1977 overdro skolens grunnlegger Egill Danielsen, skolen til en selveiende stiftelse. Rådet for stiftelsen består av 4 personer. Det er Norsk Luthersk Misjonssamband og Indremisjonsforbundet som oppnevner disse. Rådet oppnevner styret for Danielsen skoler.
Styret for Danielsen skole
Styret består av 5 personer med stemmerett, oppnevnt av rådet. På møtene sitter også rektorene og representanter for de ansatte, elevene ved videregående, representant fra FAU og myndighetene. Disse har ikke stemmerett.
Lærerråd
Selv om lærerråd er borte i den offentlige skolen, har lærerne ved Danielsen skole valgt å opprettholde rådet. Lærerrådet er et rådførende organ overfor rektor og skolens styre.
Foreldrerådets arbeidsutvalg (FAU)
Reglene for Foreldrerådet og FAU har sin basis i privatskolelovens paragraf 20 hvor det står at ved kvar grunnskule skal det vera foreldreråd. Ved oppstart om høsten avholdes foreldremøte i alle klassene. Disse møtene utgjør foreldrerådet. Da velges det en representant fra hver klasse som sammen utgjør FAU.

